Разнообразие информационных систем определяется, в частности, и возможностями использования различных способов организации среды хранения. Могут применяться различные устройства внешней памяти, например стационарные магнитные диски, устройства третичной памяти на компактных магнитооптических дисках. Специфический подход, который стал реализоваться в последние годы, предусматривает поддержку базы данных на стадии исполнения в оперативной памяти. Часто в информационных системах используют иерархии памятей. Могут применяться также разнообразные методы индексирования информационных ресурсов.