Частным случаем указанной выше терминологической проблемы является вопрос о границе между системой базы данных и ее приложением.
Традиционно система базы данных понимается как СУБД с управляемой ею базой данных, возможно, уже наполненной. В некоторых не очень частых случаях система базы данных бывает самодостаточной. Функциональные возможности пользовательских интерфейсов СУБД способны полностью удовлетворять информационные потребности пользователей.
Однако во многих случаях дело обстоит совсем не так, и необходимо создавать приложение. Приложение системы базы данных, в соответствии с приведенным выше определением приложения информационной системы, это надстройка над системой базы данных, представляющая собой комплекс средств прикладного программного обеспечения, который служит для решения каких-либо задач на основе этой системы. Приложение с помощью интерфейсов прикладного программирования (Application Programming Interface, API) СУБД получает доступ к базе данных и использует содержащиеся в ней данные для решения необходимых пользователям задач.
Таким образом, прикладная система, основанная на технологиях баз данных, представляет собой совокупность системы базы данных и приложения. Граница между ними четко определена —это интерфейсы прикладного программирования СУБД.
Но ситуация изменилась во второй половине 90-х годов, когда SQL-серверы баз данных стали обеспечивать некоторые возможности интеграции приложения и системы базы данных с помощью триггеров, хранимых процедур и внешних программ. Появилась, таким образом, возможность встраивать различные процедурные элементы приложения в систему базы данных. Соответствующие дополнения были приняты к стандарту языка SQL. Но в ситуации, когда приложение включает такие интегрированные компоненты, четкой границы между ним и системой базы данных уже не существует.